早在1万年以前，扎赉诺尔人就在旗境内生活。
其后，便有东胡、匈奴、鲜卑拓拔部、蒙古等北方游牧民族曾在这里繁衍生息。
成吉思汗统一蒙古各部时，巴尔虎部落在贝加尔湖东部“巴儿忽真河”（今俄罗斯巴尔古津河）一带过着半猎半牧生活。
由于巴尔虎部落生活在蒙古草原北部森林中，草原上的牧民称他们为“槐因亦尔坚”，意为“林木中百姓”。
成吉思汗招降“槐因亦尔坚”后，将巴尔虎部落分编于各个万户、千户、百户（当时的行政单位）之中。
封豁儿赤为主管“林木中百姓”的万户长。
后由右翼万户长木华黎统治，再后为成吉思汗二弟哈布图·哈萨尔封地。
元朝前期，大部分巴尔虎人仍居住在贝加尔湖、呼伦贝尔地区，时旗境归岭北行政管辖。
明成祖永乐元年至宣德八年（1403～1433年），明朝设置哈剌孩卫（今新巴尔虎左旗境），隶属奴儿干都司。
[20]17世纪上半叶，沙俄侵入巴尔虎部落的故乡贝加尔湖一带。
这时，巴尔虎部落主体已成为喀尔喀蒙古属部。
清雍正十一年（1733年），从属于喀尔喀车臣汗部的巴尔虎，在车楞和都古尔的带领下，以巴尔虎各姓氏的名义向清王朝请求加入清八旗（平时与战时相结合的军事与政治组织形式）建置，获得批准。
雍正十二年（1734年），共有2984名巴尔虎兵丁及家属移住今呼伦贝尔地区，按索伦兵制，其中2400人编为两翼八旗。
新巴尔虎左翼四旗（镶黄、正白、镶白、正蓝）驻牧于今哈拉哈河、乌尔逊河、呼伦湖东岸及海拉尔河下游两岸。
新巴尔虎右翼四旗（正黄、正红、镶红、镶蓝）驻牧于今贝尔湖北岸、乌尔逊河和呼伦湖西岸及克鲁伦河下游两岸。
新巴尔虎左右两翼四旗各设总管1名，每旗设副总管1员。
为区别于移住呼伦贝尔地区的巴尔虎部落，清王朝将清雍正十年（1732年）移住来的称为陈巴尔虎，清雍正十二年（1734年）移此地的称为新巴尔虎，并隶属呼伦贝尔副都统府，由清王朝派统领进行统辖。
乾隆八年（1743年），清王朝停派统领，改由呼伦贝尔副都统衔总管（隶属黑龙江将军）1人坐镇呼伦贝尔，统辖今呼伦贝尔地区事务，新巴尔虎左翼四旗亦归其统辖。
不久，原新巴尔虎左翼四旗20个佐缩编为12个佐，镶黄、镶白2个旗住牧旗境北部，正白旗住牧旗境中部，正蓝旗住牧旗境南部。
光绪七年（1881年），清王朝改呼伦贝尔副都统衔总管为副都统。
光绪三十四年（1908年），清王朝裁撤呼伦贝尔副都统，改设兵备道加参领衔，统辖各旗事务。
民国四年（1915年），新巴尔虎左翼四旗属呼伦贝尔“特别区域”所辖。
民国九年（1920年），呼伦贝尔“特别区域”被撤销，新巴尔虎左翼四旗隶属呼伦贝尔副都统管辖。
民国十六年（1927年），新巴尔虎左翼四旗总管额尔钦巴图，将总管衙门定居于正白旗头佐游牧地沙赉特氏人祭祀的“十三敖包”（今阿木古郎），结束新巴尔虎左翼四旗衙门近200余年的游牧式办公状态。
民国二十一年（1932年）6月，日本侵略军进占呼伦贝尔地区后，公布《兴安省官制》，废止“索伦八旗制”，将新巴尔虎左翼四旗合并称为新巴尔虎左翼旗（此时，“旗”的性质已不是原有的“平时与战时相的军事组织”，而是实际意义上的行政区划）?/p>
民国二十三年（1934年），日本侵略军随即在原旗总管衙门的基础上组建新巴尔虎左翼旗伪公署，隶属兴安北省管辖。
至此，清代“八旗制度”被全部取消，呼伦贝尔地区各“旗”均成为实际意义上的行政区划，各伪旗公署成为具有实际权力的行政机构。
民国三十四年（1945年）10月，抗日战争胜利后，新巴尔虎左翼旗伪公署改称之为新巴尔虎左翼旗政府，属呼伦贝尔地方自治政府管辖。
民国三十六年（1947年），呼伦贝尔地区牧区青年在内蒙古自治运动联合会和呼伦贝尔青年团的鼓励下，自发地组织起来，改革各旗属下的佐领（章京）制，将旗下设“佐”这一清制的最后一种军事、政治组织形式彻底废止，取而代之的是成立苏木（一般由原来的2—3个佐组成）建置，并冠以地名为苏木名称，成立苏木政府。
此后，“旗、苏木”组织形式一直延续。
民国三十七年（1948年）1月，呼伦贝尔地方自治政府改称呼伦贝尔盟，新巴尔虎左翼旗隶属呼伦贝尔盟。
同年4月，经内蒙古自治政府批准，建立中国共产党领导的新巴尔虎左翼旗政府，随同呼伦贝尔盟，隶属内蒙古自治政府，驻地阿木古郎。
民国三十八年（1949年）4月，呼伦贝尔盟和纳文慕仁盟合并，称呼伦贝尔纳文慕仁盟。
1949年10月1日，中华人民共和国成立，新巴尔虎左翼四旗政府归呼伦贝尔纳文慕仁盟管辖。
1950年1月，新巴尔虎左翼旗政府改称为新巴尔虎左翼旗人民政府，隶属呼伦贝尔纳文慕仁盟人民政府。
同时，新巴尔虎左翼旗所属苏木政府亦改称苏木人民政府。
1953年4月，撤销呼伦贝尔纳文慕仁盟、哲里木盟、兴安盟建制，成立内蒙古自治区东部行政公署，新巴尔虎左翼旗人民政府归属内蒙古自治区东部区行政公署。
1954年5月，撤销内蒙古自治区东部区行政公署，将原呼伦贝尔纳文慕仁盟、兴安盟所辖地区合并，成立呼伦贝尔盟。
新巴尔虎左翼旗人民政府归属呼伦贝尔盟。
1955年2月，新巴尔虎左翼旗人民政府改称为新巴尔虎左翼旗人民委员会，归属呼伦贝尔盟人民委员会。
1958年6月，撤销呼伦贝尔盟人民委员会，改为内蒙古自治区人民政府派出机构，设呼伦贝尔盟行政公署。
新巴尔虎左翼旗人民委员会归属呼伦贝尔盟行政公署。
1959年11月，经国务院批准新巴尔虎左翼更名为新巴尔虎左旗。
1968年3月，“文化大革命”中，成立新巴尔虎左旗革命委员会，行使原旗人民委员会职权。
1969年8月，新巴尔虎左旗随同呼伦贝尔盟划归黑龙江省管辖。
1979年7月，新巴尔虎左旗随同呼伦贝尔盟重新划归内蒙古自治区管辖。
1980年12月，新巴尔虎左旗革命委员会被撤销，新巴尔虎左旗人民政府成立。
2001年2月，呼伦贝尔盟撤盟设市，新巴尔虎左旗人民政府隶属呼伦贝尔市人民政府。