早在原始社会新石器时代，就有人类在旗境内繁衍生息。
商周至秦汉时期，属东胡人的牧场。
汉朝至晋朝时期，系乌桓、鲜卑人住地。
南北朝至隋唐时期，为契丹住地。
辽朝时期，为北大王擦喇之牧地，契丹人居住。
金朝时期，金界壕以南为北京路，女真人居住。
元朝时期，属上都路。
北元至明朝时期，归于乌梁海三卫占地。
明嘉靖三十九年（1560年），内喀尔喀五部，征服三卫之一的公宁卫，附属于察哈尔部。
乌巴什继承其父和尔朔齐哈萨尔诺颜之位，自称伟徵诺颜，驻牧于泰宁东部。
对所管辖的部号称扎鲁特，从此“扎鲁特部”这一名称开始载于史册。
后金天聪二年（1628年），归属后金。
天聪五年（1631年），皇太极为了更好地利用科尔沁部和扎鲁特部的势力，对蒙古地区开始实行军政令统一的旗（和硕）佐领（苏木）制度。
至此，扎鲁特部在行政和军事上，失去了传统的自主权力。
天聪十年（1636年），后金改国号名为清，整个内蒙古49个旗完全置于清王朝的直接统治之下。
清顺治五年（1648年），清廷追封内齐为多罗贝勒，并由内齐之子桑嘉布继承其父多罗贝勒爵位，占有扎鲁特部原有牧地和部众，赋予扎鲁特旗札萨克之职，世袭罔替。
同年，清廷又追封色本为多罗达尔汗贝勒，由色本次子桑噶尔继承其父多罗达尔汗贝勒爵位，从扎鲁特部划出一部分牧地和部众据其所有，赋予扎鲁特旗札萨克之职，世袭罔替，所领的牧地为扎鲁特右翼旗。
自此，原为一体的扎鲁特部，分为并立的扎鲁特左翼和右翼两个行政旗，旗以上设盟，扎鲁特左右二旗属昭乌达盟。
中华民国建立后，基本上沿袭清廷的行政体制，原理藩院改为蒙藏院，其下属机构如故。
直奉军阀之间混战之际，为在蒙古地区扩展势力，把热河作为前沿阵地，袁世凯委托热河都统（后改称省长）直接掌握和监督昭乌达盟管辖下的各旗县事务，设县和没治局，着手开发垦殖蒙地，大抓财政税收，以补充战乱所需的大笔开支。
民国十二年（1923年）12月27日，热河都统委任高义山为鲁北没治委员兼备队统领官。
民国十三年（1924年），高义山正式建鲁北没治局（鲁北县），在扎鲁特左右二旗的领地上，出现了旗县分治的局面。
县管开垦区，旗管未开垦区。
旗县同时存在，县居旗之上。
民国二十二年（1933年）5月，伪满洲国在热河省昭乌达盟西拉木伦河以北地区，设置兴安西分省（省会开鲁），扎鲁特左右二旗归兴安西分省管辖，废除鲁北县置。
民国二十三年（1934年）11月，兴安西分省，改为兴安西省。
民国二十四年（1935年）4月，伪满洲国政府下令，原扎鲁特左右二旗合并为一个扎鲁特旗，旗公署指定在鲁北。
民国三十四年（1945年）8月15日，日本无条件投降，伪满洲国垮台。
同年11月，扎鲁特旗成立临时政府。
民国三十五年（1946年）1月，东蒙古自治政府成立。
同年3月，扎鲁特旗建立自治政府，隶属于昭乌达省政府。
1946年承德“四·三”会议以后，明确了中国共产党对内蒙古自治运动的领导，撤销东蒙古自治政府，中共昭乌达省改称昭乌达盟行政委员会，隶属热河省，扎鲁特旗自治政府改为扎鲁特旗民主政
同年8月，中共昭乌达盟委员会组成扎程仄旃ぷ魑被幔皆程仄炜构ぷ鳌?/p>
民梗
民国三十六年（1947年）5月，扎鲁特旗划归辽吉省哲里木盟。
同年7月，成立扎鲁特旗政府。
民国三十七年（1948年）8月，辽吉省撤销后，隶属于辽北省哲里木盟。
民国三十八年（1949年）4月，随哲里木盟划归内蒙古自治区管辖。
1949年10月1日，改为扎鲁特旗人民政府。
1953年6月，哲盟撤销，归属内蒙古自治区东部区行署。
1954年4月20日，东部区行署撤销，复隶属于新恢复的哲里木盟。
1969年7月1日，扎鲁特旗同哲里木盟划归吉林省。
1979年7月1日，扎鲁特旗同哲里木盟划回内蒙古自治区。
1999年2月，撤销哲里木盟改设地级通辽市，扎鲁特旗由通辽市管辖，旗党政机关驻鲁北镇。