春秋战国时期，为东胡族游牧地。
秦二世胡亥元年（前209年），匈奴占领东胡各地，旗境属匈奴左贤王辖地一部分。
东汉时期，为鲜卑部落联盟东部大人辖地，隶属于辽东属国。
东晋十六国时期，扎旗属前燕国管辖。
南北朝时期，属室韦乌洛侯交错游牧地。
隋朝时期，室韦各部逐渐强盛，分为五部，属南室韦。
唐朝时期，仍为室韦活动地。
辽朝时期，属上京道长春州，韶阳军节度，隶延庆官，兵事隶属东北统军司。
金朝时期，属北京路临潢府泰州境，德昌军节度使辖，兵事属东北路招讨司。
蒙古太祖九年（1214年），成吉思汗统一蒙古草原，对蒙古草原实行“领户分封制”，扎旗为成吉思汗三弟辽王铁木真斡赤金的世袭领地。
后因以四世辽王乃颜为首的东部诸王叛乱，封地纳入行省，初属辽阳行省泰宁路辖。
元延佑二年（1315年），改属泰宁府。
元延佑四年（1317年），泰宁府升为泰宁路，仍然属于辽阳行省，后改隶中书省。
明洪武二十二年（1389年），设立兀良哈三卫指挥使司，扎旗朵颜卫所辖，上属大宁都司。
大宁都司南迁后，为奴尔干都司所辖。
继之，归木塔里山卫指挥使所辖。
明洪熙元间（1425年），蒙古臣阿鲁台为瓦剌部所破，率部南迁避于嫩江，起名嫩科尔沁部以别之。
明万历时期（1573—1620年），博第达喇将原来的科尔沁部以河划界，分给自己的儿子们做牧地。
九子阿敏分得嫩江以西的绰尔河流域，始号扎赉特部。
后金太祖天命九年（1624年），向清朝纳贡。
清崇德元年（1636年），皇太极改国号为清，漠南蒙古十六部四十九个封建主承认皇太极为蒙古可汗的继承者。
漠南蒙古列为外藩，实行札萨克制，扎赉特部领一旗。
清光绪二十八年（1902年），黑龙江将军奉旨成立“总理黑龙江、扎赉特旗等部蒙古荒务总局”主持三盟旗荒地出放事务。
清光绪三十年（1904年），在已开放地嫩江右岸莫勒红岗子设置大赉直隶厅，设抚民通判管理荒务，并在塔子城、景星两地设大赉厅分防经历衙门负责该地管理治安并兼管附近剩余荒地的开放事务。
民国二年（1913年），大赉厅改为大赉县，泰来县、景星县也相继设置，扎赉特旗设天和、中和、德和3个地局。
各县土地所有权仍属扎旗，隶黑龙江省管辖，仍属哲里木盟。
民国二十一年（1932年），伪满洲国成立，废原东北三省建置，扎赉特旗属伪兴安南分省（后改为兴安总省），取消原有的封建王公世袭制度，札萨克改为旗长。
民国二十二年（1933年），把土地开放时放出的土地由泰来、景星管内划回一部分。
由泰来接收回来的土地改为扎赉特旗第五、六、七努图克，由景星接收回来的地区编入第二、三、八努图克管内。
民国二十七年（1938年），实行“土地奉上”，撤销天和、中和、德和地局。
民国三十四年（1945年）8月，扎赉特旗光复。
民国三十五年（1946年），先后隶属于兴安盟、兴安省。
民国三十六年（1947年），隶于兴安盟。
1952年2月，西科后旗建制撤销，原属西科后旗的图牧吉努图克划归扎赉特旗。
1953年2月，撤销兴安盟建制，扎赉特旗归内蒙古自治区东部区行政公署所辖。
1954姆销东部区行政公署，划归呼伦贝尔盟人民政腹芟健?/p>
1969年8月，随呼伦贝尔盟划归黑龙江省。
1979年8月，随呼伦贝尔盟划回内蒙古自治区。
1980年7月，恢复兴安盟建制，划归兴安盟。