同仁历史悠久，秦汉时期为羌族部落居牧地，魏时归蜀汉，西晋时为吐谷浑辖地，东晋时隶属于前秦河湟郡。
唐天宝十二年(753年)，属浇家河郡辖地，保安铁城山置振武军、曲库乎置曜武军。
明洪武四年(1371年)立保安堡。
清称乾隆时隶属于新置的循化厅。
民国18年(1929年)，设同仁县（藏语称同仁地区为“热贡”，意为极乐的金色谷地)，辖今同仁、泽库二县之地。
中华人民共和国成立后建制：1949年9月22日，同仁县人民政府成立。
1951年12月析出同仁县第五、第六、第七3个区置泽库县，同仁县重新调整行政区域，建立新的第五、第六2个区。
1958年9月，根据中国共产党中央《关于在农村建立人民公社的决定》，同仁县将全县19个乡、1个区撤并建成11个“政社合一”的人民公社。
1984年9月，根据中央《关于实行政社分开建立乡人民政府的通知》，同仁县将13个人民公社、1个镇改建为13个乡、1个镇。
至2024年底，全县共辖3个镇9个乡，分别是隆务镇、保安镇、多哇镇、年都乎乡、曲库乎乡、瓜什则乡、加吾乡、双朋西乡、兰采乡、扎毛乡、黄乃亥乡、牙浪乡。
辖行政村72个、社区居委会10个、农业生产合作社362个。
2024年7月1日因县撤县设市更名为同仁市，全市共辖3个镇8个乡，分别是隆务镇、保安镇、多哇镇、年都乎乡、曲库乎乡、瓜什则乡、加吾乡、双朋西乡、兰采乡、扎毛乡、黄乃亥乡。
辖行政村72个、社区居委会8个。