夏代郓地为徐州之城，商代郓城称庇，商王祖乙曾迁都于此。
春秋时境东为鲁郓邑。
西汉属东郡。
东汉属济阴郡。
三国魏、晋为兖州刺史治所。
北魏属濮阳郡。
北周于古郓邑置清泽县。
隋开皇四年(584)改为万安县，十八年（598）改为郓城县，取古郓邑为名，属郓州。
大业初改东平郡治。
唐属郓州。
北宋属济州。
金大定六年(1166)徙治盘沟村，即今县城，属济州。
元属济宁路。
明属兖州府。
清属曹州府。
1914年属济宁道。
1925年属曹濮道。
1928年道废直属于省。
1936年属第二行政督察区。
1939年抗日民主政权以今县境之大部置郓城县，先后属鲁西行政区第二专区、冀鲁豫行政区第二专区。
1944年析郓城、巨野、菏泽3县各一部置郓巨县，隶属同郓城县。
1946年郓城县改为郓北县，析原郓城、郓巨、南旺3县各一部另置郓城县，隶属不变。
1949年郓北县并入郓城县，属平原省菏泽专区。
1952年划归山东省。
1958年属济宁专区。
1959年复属菏泽专区。
1967年属菏泽地区。
2000年属菏泽市。