西周为卢子国、祝国、邿国一部分，春秋为齐卢邑、清邑地。
秦代设卢县（治今孝里镇），属济北郡。
西汉时为泰山郡卢县、北安县、茌县和平原郡祝阿县地，卢县为都尉治。
东汉为济北国治，三国魏时为济北国卢县、泰山郡山茌县和济南国祝阿县地。
西晋时为济北国卢县、泰山郡山茌县、济南郡祝阿县地。
南北朝时初属南朝宋，后属北魏，县境为侨置东太原郡山茌县、太原县、祝阿县、卢县地。
隋开皇五年（前586）以东太原郡治所置长清镇，十四年（前594）以长清镇置长清县。
因域临清水而得名。
唐代省丰齐、山茌二县并入长清县。
五代又省卢县并入长清县。
北宋至道二年（996）长清县治迁刺榆店，即今长清老城区，时属京东东路济南府。
金代属山东东路济南府。
元改属泰安州。
明初属山东行省济南府，宣德三年（1428）后改属山东布政使司济南府。
清属济南府。
民国成立以后，曾先后属岱北道、济南道、山东省政府。
1939年成立长清县抗日民主政府后，隶属泰西专属。
中华人民共和国成立以后，隶属泰安专署。
1958年改属济南市。
1959年10月撤销长清县。
1961年5月复县后划归泰安专署。
1978年11月还属济南市。
2001年6月26日撤县设区。