民国三年（1914年）5月，山东省划为4道。
今境属济宁道的有菏泽、曹县、定陶、单县、成武、郓城、巨野、汶上（部分属今梁山县）；属东临道的有寿张（今梁山县境）、濮县（今鄄城县境）；属直隶省大名道的有东明。
民国十四年（1925年），山东省督办兼省长张宗昌将全省4道增为11道。
曹濮道（治菏泽）辖8县，全在今境内，即菏泽、曹县、定陶、单县、成武、巨野、郓城、濮县（鄄城）；东明县当时仍属大名道；梁山县境属寿张与汶上县，属济宁道。
民国十七年（1928年），南京国民政府废道制，各县直属省。
民国二十年（1931年），鄄城县与濮县分治，黄河北岸境域属濮县，南岸境域属鄄城。
民国二十四年（1935年）1月，划菏泽、济宁等14县为乡村建设实验区，即山东省第一区，专署驻济宁。
民国二十四年（1935年）4月，改称山东省实验区。
民国二十四年（1935年）6月，再改山东省县政建设试验区。
民国二十五年（1936年），又并入濮县。
民国二十六年（1937年），山东省先后共建立7个区。
第二区辖9个县，其中有今境内的菏泽、曹县、定陶、单县、成武、巨野、郓城、鄄城等8县，专署驻菏泽。
东明县当时属河北省第十七区，今梁山县境属山东省第六、一区的寿张和汶上县。
民国二十七年（1938年），山东省改划为17个区，当时属境内第十六区的县有菏泽、定陶、濮县；属第十一区的县有曹县、单县、成武；属第二区的县有巨野、郓城、寿张、汶上；东明县属河北省第十七区。
自民国二十七年（1938年）夏至民国三十四年（1945年）8月抗日战争结束，境内建立了由中国共产党领导的3个抗日专区，即冀鲁豫第八、第十、第十一专区。
在解放战争中，境域区划如下：民国三十五年（1946年）2月，区划有所调整，原冀鲁豫第八专区改为冀鲁豫第二专区。
经过调整于年底辖6县，境内有郓城、郓北、郓巨、临泽、鄄城5县。
至1948年2月，南华县由五专区划入，11月临泽县改称菏泽县，年底该专区共辖6县：菏泽、郓巨、郓城、郓北、鄄城、南华，全在境内。
民国三十五年（1946年）2月，原冀鲁豫第十一专区改为第三专区。
年底，该专区共辖11县，境内有单县、单虞、成武、巨南4县。
民国三十五年（1946年）2月，原冀鲁豫第十专区改为第五专区。
年底，该专区共辖10县，境内有东明、东垣、齐滨、曹县、复程、菏泽、定陶、南华8县。
民国三十七年（1948年）3月，南华县由五专区划归二专区。
民国三十七年（1948年）11月，菏泽县改称安陵县。
民国三十七年（1948年）年底，该专区共辖8县，境内有东明、齐滨、曹县、复程、安陵、定陶6县。
民国三十五年（1946年）1月，新建冀鲁豫第七专区，将原八专区所辖的南旺、昆山，原十一专区所辖的巨野、嘉祥、济宁和一专区所辖的宁阳划归七专区。
经过几次调整，年底该专区共辖8县1市。
民国三十七年（1948年）底，该专区共辖5县，境内有南旺、昆山、巨野3县。
民国三十八年（1949年）8月，平原省成立，区划作了较大调整，撤销了冀鲁豫第二、三、五、七4个专区，建立菏泽专区和湖西专区，隶属平原省。
调整后的菏泽专区辖8县，即菏泽、定陶、曹县、东明、鄄城、郓城、梁山、南旺。
除南旺部分地域外，均在今境内。
湖西专区辖7县，内有单县、复程、成武、巨野。
中华人霉埠凸?952年11月，平原省撤销，菏泽、湖西专区归属山东省。
东明县划归河南省郑州专区。
1953年8月20日，湖西专区撤销，单县、复程、成武、巨野划归菏泽专区，嘉祥、金乡、鱼台划归济宁专区，同时撤销南旺县，析入梁山和嘉祥县。
至1953年底，菏泽专区共辖10县：菏泽、鄄城、郓城、梁山、巨野、成武、定陶、曹县、单县、复程，菏泽市的区域基本形成。
1956年3月6日，撤销复程县，析入曹县和单县。
1958年12月，撤销定陶县，析入成武和菏泽县；同时撤销菏泽专区，其所辖菏泽、鄄城、郓城、梁山、巨野、成武、曹县、单县等8县划归济宁专区。
1959年9月，菏泽专区恢复，仍领原8县。
1960年10月，改菏泽县为菏泽市，同时将济南市的平阴县划归菏泽专区。
1961年3月，平阴县划归泰安专区。
1961年10月，恢复定陶县。
1963年3月16日，改菏泽市为菏泽县。
1963年4月，东明县由河南省开封专区划归菏泽专区。
1963年底，菏泽专区共辖10县：菏泽、曹县、定陶、成武、单县、巨野、梁山、郓城、鄄城、东明。
1989年12月22日，梁山县划归济宁市。
2008年12月，菏泽市下辖8县1区，158处乡镇，行政村、社区6106个，自然村13478个。
2024年4月29日，撤销定陶县，设立菏泽市定陶区[98]，定陶区正式挂牌成立。
[97]截至2024年末，菏泽市辖牡丹区、定陶区、曹县、成武、单县、巨野、郓城、鄄城、东明2区7县（4月29日，定陶县正式撤县设立定陶区）1个省级经济技术开发区，1个高新技术开发区，168个乡、镇、街道（乡10个，镇124个，32个街道办事处），6019个村（社区）。