现宝山区于1988年9月，由宝山县和吴淞区撤并而组成。
原宝山县位于上海市北部，宝山县境域在唐宋时属昆山县，南宋嘉定十年（1217）起属嘉定县。
清雍正二年（1724）从江苏省嘉定县析出东境建为“宝山县”，与老县嘉定同城而治。
1912年后直隶江苏省。
1937年后日伪、汪伪统治期间，宝山县划归上海市，改县为区。
1944年复改为县。
次年日军投降后重归江苏省，隶第三行政区。
1949年5月解放后，先后隶苏南行政区和江苏省的松江专区。
1958年1月起划归上海市管辖。
1988年，由吴淞区和宝山县“撤二建一”，成立新的宝山区。
原吴淞区沿革：吴淞在清道光三年（1823年）以前，属宝山县城（厢）厂的一部分。
清宣统二年（1910年），实施城镇乡自治后，改为吴淞乡。
1928年7月划归上海特别市，首次建为吴淞区。
民国以来，吴淞区就三建三撤。
解放初期管辖范围基本未变，直至1956年并入北郊区。
1949年5月人民政府接管旧政权。
1949年10月全区实施民主建政。
1958年成为宝山县辖地。
1960年1月重建吴淞区。
1960年4月筹建城市人民公社。
同年10月城市人民公社停办，第三次建立吴淞区。
1978年为宝山钢铁总厂建立上海市宝钢地区办事处。
1979年1月宝钢地区办事处建立。
1980年10月国务院批复成立吴淞区（1981年10月城厢镇正式划交）。
1988年1月27日国务院决定吴淞区与宝山县同时撤销建制，合并建为宝山区。
1997年，辖5个街道14镇2乡。
区政府驻友谊路街道。
1997年9月，辖区内原江湾机场8.6平方千米和共康小区部分区域0.726平方公里分别划归杨浦区、闸北区。
从1998年开始，地处宝山区长兴岛的前卫农场属地化管理开始实施，于1998年年底整体移交宝山区。
2000年开展乡镇级行政区划调整，至2002年6月底，下辖5个街道、9个镇、2个乡。
2005年长兴、横沙2乡划离宝山区并入崇明县。
2006年撤销海滨新村、吴淞镇街道建制，设立吴淞街道；撤销泗塘新村、通河新村街道建制，成立张庙街道。
至2024年底下辖3个街道、9个镇，使用至今。