新海镇由原新海、跃进、红星、长征四个市属国营农场合并而成。
新海农场原为开沙，于1948年涨成；1958年崇明县委统战部组织工商业者在开沙围地兴办新海畜牧场；1959年经上海市人民委员会批准围垦开沙，10月崇明县成立了围垦筹备委员会，下设开沙围垦指挥部，12月工程动工，历时半年建立国营崇明县新海农场；1961年起陆续接收上海市区社会青年和知识青年；1963年7月农场改隶上海市农垦局，更名为上海市新海农场；1966年至1967年间曾称向阳农场；1968年7月恢复为上海市新海农场。
跃进农场原是新安沙；1960年9月上海市黄浦区、吴淞区、高教局三个单位围垦、筑江堤13千米，建造了吴淞水闸；1961年1月先后成立吴淞、黄浦、高教三个畜牧场；1963年10月三场合并建立了上海市新安沙农场；1964年秋冬又围垦新安沙的延伸部分（跃进沙9600亩）；1966年10月更名为上海市跃进农场。
红星农场原系芦苇滩涂，名曰“大同沙”；1960年9月由上海市普陀区组织干部、职工围垦，1961年4月建立普陀区畜牧场；1963年更名为洪西农场，11月与翌年4月长宁区畜牧场和新海农场三个单位所属的一部分土地划归洪西农场；1966年秋改为红星农场。
长征农场前身为合隆沙；1960年9月由上海市长宁、徐汇、卢湾三个区围垦，1961年4月分别建立畜牧场；1963年11月合并为合隆沙农场；1966年秋改名为上海市长征农场。
21世纪初为适应国家关于政企分设和市场经济体制改革的要求，原上海农工商（集团）总公司逐渐将下属的国营农场进行政企分设改革试点，2004年2月原新海、跃进、红星、长征四个农场的政务与社区管理职能进行整合归并，组建上海市新海地区社区管理委员会。
2008年8月6日经上海市人民政府批准，由光明食品集团将新海地区社区整建制移交崇明县属地管理，正式建镇，名称使用至今。