南宋北蔡成为聚落集市，属华亭县，隶属浙江西路嘉兴府。
元至元二十九年（1292），华亭县分置上海县，北蔡为上海县地，隶属江浙行省松江府。
明永乐二年（1404），已有北蔡市，其时金山卫六千户所屯仓筑于此。
清雍正四年（1726）。
又自上海县分置南汇县，北蔡属南汇县管辖，隶属江苏省松江府。
建立乡、保、图建制，北蔡为长人乡二十保的一图、十四图、二十四图和二十六图，以至民国时期。
1949年10月后，废除保甲制，实行区、乡、村建制。
至1957年，撤区并乡。
1958年成立东风公社，年底并入张江公社。
1959年调整为北蔡公社。
1984年置北蔡乡，1986年4月，撤销北蔡乡人民政府，建立北蔡镇人民政府。
2001年5月撤销六里镇建制，其行政区域范围内的0.85平方千米划归南码头街道，其余并入北蔡镇，地名使用至今。