宋时隐士林乐耕及其后裔来此，繁衍成为大族，分居三庄（东林、中林、西林），合称三林庄，明洪武六年（1373）设三林庄巡检司。
建文年间，范家浜开浚，汇成黄浦江，三林庄渐繁荣成镇。
解放后，1949年7月8日设三林区。
1956年2月成立三林乡。
1958年10月三林、陈行两乡合并成立和平人民公社；1959年7月18日和平人民公社分成三林公社和陈行公社。
1984年4月政社分设，建立三林乡。
1992年11月4日撤销上海县，三林乡归入闵行区。
1993年3月17日由闵行区划归浦东新区。
1995年12月撤乡建镇，成立三林镇。
2000年4月10日撤销原三林镇、杨思镇，建立新的三林镇。
现归属于上海市浦东新区。