万祥成陆于清代中叶，初为盐场。
1949年5月南汇解放，南汇县人民政府下设6个办事处，万祥地属第六乡镇联合办事区管辖。
1955年9月南汇县撤区并乡，万祥地区归金陵、新港、书院3乡。
1958年3月南汇县划归上海市，9月实行政社合一，万祥地区、书院地区合并成立书院人民公社。
1959年6月万祥地区从书院人民公社中析出，独立建置成立万祥人民公社，驻万祥路47号。
至1962年下辖15个生产大队。
1984年4月实施政社分设，建立万祥乡，下辖15个行政村。
1991年1月20日万祥集镇所属区域建立居民委员会。
1995年7月13日撤销万祥乡建制，建立万祥镇，下辖15个行政村（150个村民组），1个居民委员会（4个居民小组）。
2001年1月撤销南汇县设立南汇区，万祥镇属南汇区。
2002年3月至5月调整村级区划。
2003年被划入临港新城区版图内。
2009年4月撤销南汇区，并入浦东新区，隶浦东新区。