夏商属雍州。
殷商晚期，为北方部族鬼方领地。
春秋为白狄族居地。
秦汉属上郡肤施、阳周2县。
北魏太和十一年（487）设朔方县，属东夏州朔方郡。
隋先后分属雕阴郡绥德、城平、延福县。
西魏大统初于今县西北折家坪附近设绥德郡，大统十二年（546）置绥德县为郡置。
隋开皇三年（583）郡废，隋末县废。
唐武德元年（618）分属并州道绥州城平、延福；贞观九年（635）置浑州、宽州，后合并设为宽州。
北宋初属陕西路、永兴军路城平县。
康定元年（1040）筑土城，宋仁宗赐名青涧，元丰七年（1084）设青涧城，属永兴路绥德军。
金大定二十二年（1182）青涧城升为青涧县，隶鄜延路绥德州。
蒙古至元四年（1267）怀宁县并入青涧。
元属延安路绥德州。
明洪武四年（1371）改为清涧县，属延绥镇榆林道；崇祯十六年（1643）改为天波府。
清顺治二年（1645）复称清涧县。
雍正三年（1725）绥德州升为直隶州，清涧县属直隶州。
1913年属陕西省榆林道。
1926年废道，为省直辖县。
1936年1月建立陕北省清涧县苏维埃政府。
1940年成立清涧县人民政府，属绥德分区。
1949年5月，隶属陕北行署绥德分区。
1950年1月，属陕西省绥德分区所辖。
1956年10月隶榆林专区。
1958年12月，并入绥德县，1959年3月，清涧成为中心乡，仍隶榆林专区绥德县。
1961年，恢复清涧县，属榆林地区行政公署管辖。
2000年，榆林地区改为榆林市，清涧县属榆林市辖县。
2001年，撤销寨沟乡，并入解家沟镇，撤销东拉河乡，并入李家塔镇。
辖石嘴驿、折家坪、解家沟、店则沟、高杰村、李家塔、玉家河、师家园则8镇，郝家墕、乐堂堡、下二十里铺、双庙河、老舍窠、二郎山、石盘7乡和秀延街道办事处。
2024年7月7日，二郎山乡并入解家沟镇，郝家墕乡并入石咀驿镇，乐堂堡乡并入宽州镇，撤销秀延街道办事处。
辖石嘴驿、折家坪、解家沟、店则沟、高杰村、李家塔、玉家河、师家园则8镇，下二十里铺、双庙河、老舍窠、石盘4乡，有639个村民委员会和4个居民委员会。