北魏景明元年(500年）设县，县境原属商县南部，称南商县，治所层峰驿（今皂角铺），属苌和郡。
隋初撤销南商县并入上洛郡之商洛县。
唐、五代、北宋均属商州之商洛县。
元代属商州直辖。
明成化十三年（1477年），以地处商山之南设商南县，属西安府商州，治所层峰驿。
明成化十七年（1481年）迁至层峰镇（今城关镇）。
清代属直隶商州。
1913年属汉中道。
1935年属第四专员公署行政督察区。
1935年红二十五军曾在境内的两岔河、腰庄、七盘磨、梁家坟等地建立了苏维埃政权。
1946年建立鄂豫陕革命根据地。
1947年商洛地委、商洛军分区在赵川成立，建立豫陕鄂革命根据地。
1949年属陕南行政公署第二分区辖。
1950年5月属商洛专区。
1969年属商洛地区。
2001年8月属商洛市。
下辖9个镇、1个街道办，18个社区居民委员会，108个村民委员会。