秦设栒邑县，因境内盛产栒木得名。
西晋改名邠邑县，大夏占领期间县废。
北魏太延二年（436）将三水县（初设于今宁夏固原县境）迁设境内，后又将高平、爰得二县迁设境内，北周撤销高平、爰得2县，三水县历隋唐五代宋金800多年，到元至元七年（1270）撤销，辖地并入淳化县。
明成化十三年（1477）九月复设三水县，1913年复名栒邑县。
1934年10月，陕甘边苏维埃政府在境内设立新正（一作新政）、永红二县，1937年5月撤销永红县，1949年5月增设马栏县，同年7月撤销新正县，9月撤销马栏县。
1958年12月撤销栒邑县制，辖地并入邠县，1961年9月分出复设，1964年9月撤销栒邑县，改为旬邑县至今。