巴中市的前身是县、州、郡。
县建于东汉和帝永元三年（公元91年），时称汉昌县，治今巴州镇，属益州巴郡。
建安六年（公元201年）改属益州巴西郡，治今阆中。
建安十八年（213）置巴西郡于汉昌县，治今巴州镇；二十三年（218）巴西郡还治阆中，汉昌县属宕梁郡。
西晋泰始三年（267），县属梁州（治今江口镇）。
建武元年（304）改汉昌为汉兴；东晋安帝（397-418）时复名汉昌，仍属梁州巴西郡。
南北朝宋末，汉昌县侨置于今苍溪、江油县；萧齐（479-501）时，复置汉昌县。
北魏505年于汉昌地置大谷郡，治今巴州镇；514年于大谷郡北（今江北乡江北村）置巴州。
萧梁天蓝四年（505）至十六年（517）亦置巴州于今巴州老城，与北魏对峙。
535年，萧梁统一了两个巴州，设8郡（大谷、其章、归化、义阳、遂宁、哀戒、北水、木门郡），领10县（汉昌、符阳、曾口、义阳、平川、始宁、其章、难江、伏强、池川）1镇（今仪陇县金城镇）。
梁大同元年（535）十月至承圣三年（554），巴州领郡13、县19。
西魏恭帝元年（554）至魏灭，领郡10、县15。
北周大象二年（580）巴州属利州总管府，领郡9、县14。
随开皇三年（583）改郡为州，实行州、县二级地方制；大业三年（607）效秦制，改州为郡，实行地方郡、县二级制。
隋初，巴州郡领化成、曾口、清化、盘道、归仁、始宁、其章、恩阳、永穆9县。
大业三年（607）改巴州郡为清化郡，属梁州，领县14，郡治今化成。
唐武德二年（619）改郡为州，巴州领县7，属山南道。
开元二十一年（733）属山南西道；开元（713-741）时，巴州领县10（化成、盘道、清化、曾口、归仁、始宁、其章、恩阳、大牟、七盘）郡治化成。
唐代宗永泰元年（765）至五代末，巴州领县9。
北宋（960-1126）地方建置，州分上、中、下军。
巴州（中等，军事）属利州路（治兴元府，今汉中市）领县5：化成、难江、恩阳、曾口、通江。
南宋（1127-1278），巴州仍属利州路，时分时合，多属利州东路，巴州领县6（通江分设大通江，小通江2县）。
元代，省下分置路、府、州、县，巴州属四川省广元路、领县3：化成、曾口、通江。
明初，巴州仍置，省曾口县；明洪武九年（1376）又省化成县，旋改巴州为巴县，隶属保宁府。
明正德九年（1514）复为巴州，领县2：通江、南江。
清乾隆元年（1736），四川省设5道，巴州属川北道保宁府（治阆中），不辖县，设江口分州于今平昌县江口镇。
民国元年（1912），地方建置设省、府、县（州、厅）三级制，巴州属四川军政府保宁府。
民国2年，改巴州为巴中县，并设江口分县署，属川北道（治阆中）；民国3年改属嘉陵道（治今南充）。
川陕苏区时期（1932.12-1935.3），巴中境内设川北道苏维埃、巴中特别市、巴中县、江口县、长胜县、恩阳县苏维埃。
民国24年（1935），国民政府统一川政，划四川为18个行政督察区，巴中县属第十五行政督察区（驻今达州市）。
民国35年（1946）9月1日，以巴中县第三区治江口镇为局址的平昌设治局正式成立，分治原巴中县及达县、通江部分地域。
1949年12月22日，成立巴中县解放委员会；1950年1月19日，巴中县人民政府成立，属西南区川北行政区达县专区；1952年属达县专区；1953年9属达县地区。
1993年7月成立巴中地区，陌椭邢匚椭惺校ナ舭椭械厍?/p>
2000年6月14日，国务院批准撤销巴中地区和县级巴中市，设立地级巴中市。
原县级巴中市改为县级区，称巴州区，治所仍是巴州镇，沿用至今。