巴州建县已有1900多年历史。
民国元年，巴州属四川军政府保宁府。
民国2年，改巴州为巴中县，并设江口分县署，属川北道（治今阆中）。
民国3年，改属嘉陵道（治今南充）。
从民国6年起，巴中为四川军阀郑启和、潘文华、刘存厚、田颂尧等相互争夺，制无常规。
至民国10年，为田颂尧所独据，县属国民革命军第二十九军驻区事务署（驻今三台县）。
1933年，红军在通江、南江、巴中建立川陕革命根据地。
7月上旬，巴中县城成为川陕革命根据地的首府。
1934年，川陕省委、省苏迁驻通江和旺苍坝（今旺苍县城），9月11日又迁回巴中城，直至1935年3月撤离北上。
川陕省苏区按省、道、县（市）的行政建制，辖2道、1市、23县。
今县境内，置1市（巴中特别市）、3县（巴中、恩阳、长胜）。
巴州镇为省、道、市苏维埃的驻地。
民国24年（1935年）春，红军撤离。
巴中隶属第十五行政督察区（驻今达县市）。
民国33年11月11日，政务院准予辖区分设平昌设治局。
民国34年，以第三区治江口镇为局址正式设立。
1950年元月19日，巴中县属西南区川北行政区达县专区。
1952年9月，县属四川省达县专区（地区），至1985年无变动。
1993年7月27日，撤销巴中县，设立巴中市（县级），以县行政区域为市行政区域，隶属巴中地区行政公署。
2000年，撤地建市、撤市建区，巴州区隶属巴中市至今。