清顺治十年(1653)，遂宁县并入蓬溪县。
顺治十七年(1660)，复置遂宁县，治所仍设今遂宁市城区。
清雍正十二年(1734)，潼川州更名潼川府，遂宁县隶属潼川府。
今船山区境属潼川府遂宁县。
1912年，遂宁县隶属川北道，分下3里13场置东安县(民国三年更名为潼南县)。
1918年起，四川形成“防区制”，遂宁县隶属四川省第五卫戍区。
今船山区境属四川省第五卫戍区遂宁县。
1935年，川政统一，遂宁县隶属四川省第十二行政督察区。
直至1949年12月。
今船山区境属四川省第十二行政督察区遂宁县。
新中国成立后，1950年1月置遂宁县，隶属川北区行署遂宁分区。
今船山区境属遂宁分区遂宁县。
1952年9月1日，撤销川北区行署，遂宁县隶属四川省遂宁专区。
今船山区属四川省遂宁专区遂宁县。
1958年10月，并遂宁专区入绵阳专区，遂宁县改隶属四川省绵阳专区。
1968年9月，改绵阳专区名绵阳地区，遂宁县隶属四川省绵阳地区。
1985年2月，撤销绵阳地区分设绵阳、广元、遂宁三个省辖市。
5月，改遂宁县置遂宁市市中区。
今船山区境属遂宁市市中区。
2003年12月，经国务院批准撤销遂宁市市中区，成立船山区和安居区。
船山区治所置市城区。
同年12月26日，船山区举行成立大会宣告遂宁市船山区成立。