古为梁州之地，属僰侯国地。
汉武帝建元六年（前135），唐蒙奉命通西南夷后属犍为、越嶲二郡地。
蜀汉建兴三年（225）属新道县，由越嶲郡“遥领”。
西晋永安元年（304）后为僚人部落组织所据。
隋、唐、宋为马湖部地，先属驰骋、霸摩两州，后属叙州府，到北宋英宗二年（1065）改由犍为县领辖。
元朝及明朝前期为马湖府地，属沐川长官司。
明朝万历十七年（1589）在赖因乡（今民建镇）筑马湖府安边城，设同知署守。
清雍正五年（1727）裁马湖府并入叙州府，马边属屏山县管辖。
清乾隆二十九年（1764）马边从屏山县划出置马边厅，直隶叙州府。
1914年改厅为县，改属嘉定府。
1935年后属四川省第五行政督查区（乐山专区）管辖。
1950年解放后属川南行政公署乐山专区管辖。
1956年改属四川省凉山彝族自治州管辖，由乐山专区代管。
1984年划归乐山专区管辖，撤销马边县设立马边彝族自治县。
1985年撤销乐山专区设立乐山市，马边彝族自治县仍归乐山市管辖至今。