木里原属盐源一个辖区，秦统一中国后，置越焦郡定管县（即今盐源）。
唐朝改定管县为昆明县，属越焦郡，后一度为吐蕃、南治所占。
宋时归南治政权所辖。
元代属德平路，改昆明县为润盐县。
明置建昌卫，设千、百户土司。
清置宁远府，改润盐县为盐源县，为四川省所辖。
民国时期，盐源县为宁属屯垦委员会所辖。
1953年2月19日正式成立木里藏族自治区（县级），县治原驻瓦厂，归属四川省西昌专区管辖。
1955年5月，改为木里藏族自治县，1961年迁至博凹，今乔瓦镇。
1978年10月并入凉山彝族自治州，名称一直沿用至今。