根据历史考古发现，距今7000年前的新石器时期本镇即有人类活动遗迹。
秦汉时期，武清设泉州、雍奴二县。
北魏太平真君七年（446）撤泉州入雍奴，雍奴县城迁至本镇邱古庄。
自盛唐至明清以来，得漕运之利，全镇经济发展、文化繁荣、人才辈出。
今镇政府所在地白古屯村，文革时期更名为红古屯，1982年恢复白古屯村名。
新中国成立后，本镇各村先后属武清县九区、一区管辖。
1958年9月人民公社化，划至城关红旗人民公社。
1961年6月建东马房公社，公社驻地东马房村。
1968年改称东马房公社革命委员会。
1980年，复称东马房公社。
是年公社驻地迁至白古屯村。
1983年5月，更名为东马房乡。
1984年7月，改称白古屯乡。
2024年6月，撤乡建镇，遂更名为白古屯镇。