战国时期,本镇属燕国。
公元446年,北魏王朝拓拔氏入主幽州,濒海地区因海侵人口锐减,村落荒废,朝廷提出“凡不足百户县者罢之”,故“省泉州入雍奴”,该地属雍奴县所辖。
唐天宝元年(742),雍奴县更名武清,高村属武清县。
宋辽对峙时期,高村属辽国,金朝与南宋对峙时期,高村地区属金朝武清县。
元朝属漷州。
明初,高村属顺天府。
燕王扫北,本镇村庄又增多四村。
清朝乾隆七年武清县县境全图记载,高村镇区域属通州区管辖。
1937年日寇侵占武清后改编为乡制。
1939年分别属于武清县第一区利尚屯乡和第二区高村乡和牛镇乡。
1940年实行县公署乡制,本镇属武清第二区被编为两个乡,牛镇乡和高村乡。
1948年11月份解放,属武清第六区,1949年调整区划,改为第四区,1950年8月改称第三区,1952年改称第八区,1957年撤区并乡建高村乡。
2024年6月撤乡建镇为武清区高村镇。