清代成为一处繁华集镇，曾在此驻有外委。
新中国成立后一段时间内仍习称为皇后店。
1939年分属武清县第七区黄花店乡、梁各庄乡、甄营乡及八里桥乡。
1945年10月曾一度解放，同年底复沦陷为待解放区。
1948年11月解放，属津武县第五区。
1949年5月，津武县撤销，属武清县第十一区。
1949年10月改称第八区，1950年8月改称第九区，1952年1月改称第十一区、第十二区。
1953年7月分属于第十一区眷兹乡和第十二区甄营乡、八里桥乡、黄花店乡、鱼市庄乡和冀营乡。
1956年分别属于第十一区南双庙乡和第十二区黄花店乡、梁各庄乡和八里桥乡。
1957年5月至1958年2月，建黄花店乡，1958年9月，改为黄花店卫星公社，1959年3月改称黄花店公社。
1983年4月，改称黄花店乡，恢复黄花店乡人民政府。
1998年12月，天津市政府批准黄花店乡撤乡建镇。
1999年1月，正式建镇，名称沿用至今。