清乾隆二十四年(1759),清平定大小和卓叛乱,统一新疆后,吉木乃隶属塔尔巴哈台参赞大臣管辖。
清同治六年(1867),清设布伦托海办事大臣兼领塔城、阿尔泰事务,属之。
八年(1869),撤布伦托海办事大臣,阿尔泰归科布多参赞大臣管辖,属之。
光绪三十二年(1906),科布多、阿尔泰分治,吉木乃始属阿尔泰办事大臣管辖。
1916年,设吉木乃县佐。
1930年,吉木乃县佐升格为县,隶属阿山行政区。
1950年,属阿山专区。
1954年,隶属阿勒泰专区。
1970年,属阿勒泰地区。