西汉前期为皮山国，西域三十六国之一，王治皮山城。
神爵三年（前59）隶属西域都护府。
东汉后属于阗。
《魏书》作蒲山。
唐设皮山城，隶安西都护府。
宋、辽、金时期，皮山等地属喀喇汗王朝、西辽统治。
元、明、清初时期，皮山地域先后属察合台汗国、叶尔羌汗国。
清光绪十年（1884）属叶城县，隶属喀什噶尔道莎车直隶州。
光绪二十九年（1903）由叶城县析固玛、桑株等三十八庄置皮山县，隶莎车府。
1920年隶属和阗道。
1929年属和阗行政区辖治。
1936年，皮山县设置7个行政区。
1941年划分为8大区。
1950年3月成立皮山县人民政府。
1958年全县划分7个公社，1个农场，1个牧场。
1984年，实行撤社建乡。