汉代为车师前国地,神爵三年(前59)属西域都护府。
南北朝为高昌国。
唐贞观十四年(公元640)年设西州。
唐咸通七年(公元866)建立高昌回鹘王国至元朝。
元末,吐鲁番分设柳城、火州、吐鲁番三个万户府达鲁花赤。
光绪十年(1884)改设吐鲁番直隶厅。
1913年吐鲁番直隶厅改为吐鲁番县(含托克逊)隶迪化道。
1975年成立吐鲁番地区,辖吐鲁番、鄯善和托克逊3县。
1985年吐鲁番县改市。
2024年撤地设市更名为吐鲁番市,沿用至今。