秦汉时为三十六国之一，焉耆国地。
汉神爵三年（前59）隶西域都护府。
北魏置焉耆镇。
唐贞观二十二年（648）设焉耆都督府。
清乾隆二十四年（1759）设喀喇沙尔办事大臣。
光绪八年（1882）置喀喇沙尔直隶厅。
二十四年（1898）改设焉耆府，隶属阿克苏道。
1913年，焉耆本府改设焉耆县，属阿克苏道管辖。
1920年设焉耆道，焉耆县属焉耆道管辖。
1930年改焉耆道为焉耆行政长公署，焉耆县属焉耆行政区。
1950年属焉耆专区。
1954年3月，成立焉耆回族自治县，隶属巴音郭楞蒙古自治州。