汉属西域都护府。
清初名固尔扎，乾隆二十七年至四十五年(1762-1780)，先后修筑宁远城、惠宁城和熙春城，设阿奇木伯克和同知管理。
同治十年（1871），宁远城被沙俄侵占。
于光绪七年（1881），回归祖国，十四年，置宁远县，辖惠宁、熙春两城，隶伊犁府。
1914年，取伊犁河与宁远城首字更名为伊宁县。
1944年，“三区革命”爆发后成立“三区革命临时政府”。
1934年，为伊犁屯垦使公署驻地。
1950年，属伊犁专区。
1952年，析伊宁县5个区置伊宁市。
1953年，为新疆省辖市。
1955年，改为伊犁哈萨克自治州辖市。
1975年，州、地分设，地区驻地伊宁市，自治州治迁奎屯市。
1979年，撤销地区，州机关迁回伊宁，伊宁市直属伊犁州。
1984年，复为伊犁地区辖市。
2001年，复属伊犁哈萨克自治州。