汉属西域都护府。
清初名固尔扎,乾隆二十七年至四十五年(1762-1780),先后修筑宁远城、惠宁城和熙春城,设阿奇木伯克和同知管理。
同治十年(1871),宁远城被沙俄侵占。
于光绪七年(1881),回归祖国,十四年,置宁远县,辖惠宁、熙春两城,隶伊犁府。
1914年,取伊犁河与宁远城首字更名为伊宁县。
1944年,“三区革命”爆发后成立“三区革命临时政府”。
1934年,为伊犁屯垦使公署驻地。
1950年,属伊犁专区。
1952年,析伊宁县5个区置伊宁市。
1953年,为新疆省辖市。
1955年,改为伊犁哈萨克自治州辖市。
1975年,州、地分设,地区驻地伊宁市,自治州治迁奎屯市。
1979年,撤销地区,州机关迁回伊宁,伊宁市直属伊犁州。
1984年,复为伊犁地区辖市。
2001年,复属伊犁哈萨克自治州。