西汉时为扜弥国，西域三十六国之一。
神爵三年（前59）隶西域都护府。
东汉时归西域长史府管辖。
东汉末年，扜弥国被于阗国（今和田）吞并，扜弥国改称宁弥。
唐设毗沙都督府。
北宋属喀喇汗王朝，南宋属西辽。
元隶斡端宣慰司元帅府。
清乾隆二十四年（1759）置四品阿奇木伯克，隶和阗办事大臣。
光绪八年（1882），在喀拉喀什城（今墨玉县）建于阗县，时辖洛浦、策勒、民丰、且末。
光绪十一年（1885）于阗县从喀拉喀什城东迁移治克里雅，即今于田县城。
1920年属和阗道。
1928年属和阗行政区。
1939年，于阗属和阗行政长公署管辖。
1950年属和阗专区专员公署。
1959年于阗县简写为于田县。