14世纪，帕竹政权在西藏推行宗溪制，昂仁宗即于此时建立。
西藏和平解放以前，昂仁宗隶属班禅堪布会议厅管辖。
17世纪中叶，噶丹颇章政权建立昂仁宗，1952年前，昂仁宗和梅康萨溪隶属日喀则基宗管辖，1959年3月28日，国务院发布命令，解散西藏地方政府，由西藏自治区筹备委员会行使西藏地方政府职权。
1960年1月，国务院正式批准，撤销昂仁宗和梅康萨溪，合并设置昂仁县，归日喀则专区管辖，1970年，改属日喀则地区管辖。
2024年，撤销日喀则地区设立地级日喀则市，昂仁县隶属日喀则市。