在松赞干布统一西藏前，班戈县东部属苏毗部落，西部属相雄部落。
13世纪，元廷从区域上将其划入“纳里速宣慰使司都元帅府”。
清朝时，雍正六年（1728），清政府在拉萨设驻藏大臣办事衙门。
乾隆十六年（1751），清王朝派兵平息了珠尔默特那木扎勒事件，并制定“善后章程十三条”，对西藏地方行政体制进行了重大改革，实行政教合一的统治方式。
今班戈一带属西藏北方四部落中的朗如宗，归驻藏大臣管辖。
1942年，西藏政府为加强地方的控制，设立黑河羌机总管，并在朗如宗的江龙正式设立宗本府，始称“江龙宗”。
1956年11月23日，经中央批准，西藏工委建立了江龙宗办事处，隶属黑河分工委领导，机关设在那曲卡。
1959年7月，黑河分工委在青龙宗设立青龙县。
同年8月，成立青龙县人民政府。
1960年1月，国务院正式批准，撤销朗如宗设立班戈县。
同年青龙县与卡多拉尼和曲柯部合并，成立达木萨迦县，1960年9月10日，江龙县改为班戈县，机关驻地由班戈湖迁到普保，正式成立班戈县人民政府。
1964年5月，经西藏工委批准，班戈县与达木萨迦县合并，仍称班戈县。
1975年，因地质原因，县城迁至现址。
1978年8月，经西藏自治区批准，将色哇区及牧场大部划归双湖办事处，全县辖9个区、37个乡。
1989年，撤区并乡时，形成所辖1个区、18个乡、133个建制村。
1999年，撤消德庆区，全县辖18个乡、133个建制村。
2002年，行政区划调整，乡级建制由原来的18个乡缩减为4镇6乡，村级建制由原来的133个建制村缩减为90个建制村、5个居委会。
2024年7月，国务院批准撤销那曲地区，设立地级那曲市。
班戈县属那曲市管辖。