“十二邦”时期，属“象雄阿尔巴（后为孙波雅松）”辖区。
唐时边坝属吐蕃。
元代属吐蕃等路宣慰使司都元帅府。
1642年，噶丹颇章政权在边坝县境内设立达尔宗（今边坝县边坝镇）、结登宗（今边坝县沙丁乡），归西藏地方政府管理。
康熙五十九年（1720），清军平定西藏，驻扎边坝，属察木多管辖。
清乾隆十三年（1748），清廷于丹达设行台，派兵戍守，称丹达塘。
乾隆十六年（1751），清廷将边坝划归驻藏大臣直接管辖。
清朝末年，赵尔丰“改土归流”时，将边坝划入硕督县辖。
1918年，西藏地方政府在今边坝县境内设边坝宗和沙丁宗（结登宗）。
1943年，西藏地方政府队推行宗谿制，在边坝境内仍设边坝宗和沙丁宗，归“朵麦基巧”管辖。
1950年，昌都解放，同年11月，边坝宗、沙丁宗解放。
1951年1月，两宗划归第一办事处（丁青办事处）管辖，隶属昌都解放委员会，11月，边坝宗、沙丁宗分别成立解放委员会，宗政权被宗解放委员会取代。
1956年，成立“昌都基巧办事处”边坝和沙丁两宗归其管理。
1959年4月，边坝宗、沙丁宗人民解放委员会撤销；同时，解散宗政府。
1960年1月，经国务院批准，同意撤销边坝宗和沙丁宗，合并设置边坝县。
隶属昌都专员公署。
1970年，改属昌都地区。
2024年，昌都地区撤地设市，边坝县属昌都市管辖。