据藏文史籍《第吴宗教源流》记载，雅砻悉补野的先祖聂墀赞布从波窝经工布到达雅砻河谷，成为悉补野创始人。
其王位传至第七代止贡赞普时，止贡赞普被大臣洛昂所杀，其一族后裔波杰布逃回波窝，自立为王。
后称波噶南木第巴。
13世纪中叶，元朝及萨迦政权在卫藏、阿里、林芝等地设立乌思藏纳里速古鲁孙等三路宣慰使司都元帅府，波窝地区隶属乌思藏宣慰使司都元帅管辖，但享有一定程度的自治。
明崇祯十五年（1642，藏历第十一饶迥水马年），噶丹颇章政权建立后，波窝地区仍处在噶南木第巴的统治下，不受其管辖。
清康熙六十年（1721，藏历第十二绕迥铁牛年），出生于工布江达县的贵族阿尔布巴因抵御准噶尔有功，被康熙帝封为“贝子”，一度管理波窝一带事务。
道光十三年（1833，藏历第十四绕迥水蛇年），波窝王大臣唐堆扎布起兵叛乱。
道光十六年（1836，藏历第十四绕迥火候年），清军配合西藏地方政府平定叛乱后，仍委任波噶南木第巴为波窝地区基巧（总管）。
1912年，民国政府设川边特别行政区，在金沙江以西新设14个县，其中包括波窝地方。
1931年，西藏地方政府派人到波窝，清查户口，核定税额，设立驻曲宗的基巧，下设波堆（又称倾多，上波窝地区）、波麦（又称易贡，下波窝地区）、曲宗3个宗。
1950年10月，成立昌都地区人民解放委员会，波堆、波麦、曲宗3个宗归其管辖。
1951年11月，昌都地区人民解放委员会驻波密第二办事处正式成立，辖波堆、波麦、曲宗3个宗及白玛桂溪（墨脱）一带。
1954年，波堆宗更名为倾多宗，波麦宗更名为易贡宗。
1959年5月，昌都基巧办事处所辖的倾多宗、易贡宗、曲宗3个宗划归塔工基巧办事处。
同年7月，自治区筹备委员会第二次全体会议通过《关于西藏地区行政区划的调整方案》，其中将倾多、易贡、曲宗3个宗合并，设立波密县，隶属塔工专区。
1960年1月，国务院正式批准撤销倾多、曲宗和易贡3个宗，合并设立波密县，隶属塔工专区（是年2月，塔工专区更名为林芝专区）。
1964年7月，林芝专区撤销，波密县划归昌都专区。
1983年10月，恢复林芝地区，波密县复归林芝地区。
2024年3月，撤销林芝地区，设立地级林芝市，波密县隶属林芝市。