松赞干布建立吐蕃政权后，在今乃东县昌珠镇设约茹治所，设雅隆、雅仓两个东迪，隶属约茹。
9世纪中叶，吐蕃政权崩溃，西藏陷入分裂割据，吐蕃末代赞普达玛邬东赞之子威宋一派势力占据乃东，被拥立为王。
10世纪初，威宋及其后裔势力被迫逃离。
云丹王子之子赤德滚宁占据乃东，而后又被秦木氏氏族统治。
12世纪中叶，噶举派中的帕木竹巴势力在山南兴起。
南宋咸淳四年（1268，藏历第五饶迥土龙年）蒙古汗及萨迦政权在乃东雅堆设雅桑万户。
元至正十四年（1354），帕竹地方政权建立后，绛曲坚赞在乃东设宗，成为西藏地方13个大宗之一。
明崇祯十五年（1642），甘丹颇章政权建立，乃东境内有乃东、温宗、颇章、亚堆、格巴等5个宗溪（卡），乃东为一级大宗，温宗为二级宗。
清乾隆十六年（1751），西藏地方政府仍设乃东宗。
1912年，西藏地方政府在泽当设立洛喀基巧（即山南总管），乃东宗、泽当溪归其管辖。
1959年5月，平叛改革之后，乃东、泽当、颇章、亚堆合并，设置乃东县。
1960年1月，经国务院批准，撤销乃东宗、泽当溪，合并设立乃东县，属山南专区。
2024年1月，撤销山南地区和乃东县，设立地级山南市和山南市乃东区。