“十二邦”时期，那曲属象雄阿尔巴统治。
后被苏毗雅松（孙波雅松）占据。
8世纪中叶，苏毗与吐蕃统一，那曲划入苏毗茹辖区。
9世纪中叶，那曲属羌日六部的霍尔巴达部落。
13世纪初蒙古军队进入藏北地区，蒙古汗霍尔金格占据那曲。
元代那曲东部及东北部一部分属吐蕃等路宣慰使司都元帅府管辖；那曲东部地区以外大部地方属乌斯藏纳里速古鲁孙等三路宣慰使司都元帅府分辖。
明代那曲东北部的原孙波茹地方归朵甘思行都指挥使司管辖，西部地方归俄里思都元帅府管辖。
明崇祯十年（1642，藏历第十一饶迥水马年），漠西厄鲁特蒙古四部落之一的和硕特部固始汗在青海推翻蒙古却图汗统治后，率兵经那曲入藏，帮助五世达赖喇嘛建立了甘丹颇章政权，那曲属蒙古和硕特部的固始汗管辖。
清康熙五十九年（1720，藏历第十二饶迥铁鼠年），清廷派兵进入西藏，在那曲击溃准噶尔部叛军。
清廷将今那曲大部分地方置于西藏地方政府直接管辖之下。
清雍正九年（1731，藏历第十二饶迥铁猪年），清廷派官员勘定藏青边界，将黄河源以南的游牧部落七十九族地区中的三十九族部落划归驻藏大臣直辖。
乾隆十六年（1751，藏历第十三饶迥铁羊年），清廷在藏北设立坎囊宗，辖区大致为今色尼、安多两县区地域。
1942年（藏历第十六饶迥水马年），西藏地方政府在那曲卡设立绛曲基巧（藏北总管），统辖那曲及三十九族地区。
1951年5月23日，《中央人民政府和西藏地方政府关于和平解放西藏办法的协议》签订，西藏和平解放。
1956年11月，成立黑河宗办事处，隶属黑河基巧（绛曲基巧）办事处。
1957年，撤销黑河宗办事处。
1959年10月，撤销黑河宗，设立黑河县，隶属黑河专区管辖。
1960年1月，国务院正式批准撤销黑河宗，设置黑河县，同时黑河专区改名为那曲专区，黑河县隶属那曲专区。
1965年11月，黑河县更名为那曲县。
2024年7月，撤销那曲地区，设立地级那曲市。