7世纪中叶,吐蕃政权建立后,把日喀则一带地区划归如拉茹管辖,在其境内设立“桑珠孜”“娘达”“域参”。
9世纪中叶,归杰氏氏族统治。
10世纪初,达玛邬东赞后裔吉德一族占据年楚河流域,形成“卓地王系”,将日喀则收归治下。
元至元十四年(1354,藏历第六饶迥木马年),明廷及帕木竹巴政权在今日喀则市设立桑珠孜宗。
明正统十二年(1447,藏历第七饶迥火兔年),修建扎什伦布寺。
16世纪中叶,辛夏巴??才旦多吉以桑珠孜为中心,建立起“第巴藏巴汗政权”,称“藏堆杰波”(后藏之王)。
清康熙十八年(1679,藏历第十一饶迥土羊年),设立“甲错宗”“昔孜宗”“夏鲁宗”。
1921年,西藏地方政府在今桑珠孜区设“日喀则宗”“兰伦绕溪”,隶属日喀则基宗。
1952年6月,兰伦绕溪卡归还班禅堪布会议厅管辖。
1954年,西藏地方政府将日喀则基宗改称“藏区总管”,日喀则宗隶属其管辖。
1960年1月,撤销日喀则宗和兰伦绕溪,合并设置日喀则县,隶属日喀则专区。
1962年1月,卡孜乡、土布加乡和艾马岗区及其所辖的艾马乡、恰热乡、山巴乡、扎西乡、孜东乡、普孜乡,共1个区,8个乡从日喀则县划出,归南木林县管辖。
1986年12月,日喀则县改为日喀则市(县级)。
2024年6月,撤销县级日喀则市,设立日喀则市桑珠孜区。