7世纪前，日土地方属于象雄阿尔巴。
唐贞观十八年（644，藏历木龙年），雅砻悉补野第32代赞普松赞干布任内征服象雄，日土归于吐蕃治下，隶属象雄赤迪。
10世纪中叶，吐蕃末代赞普达玛邬东赞普的后裔白吉日巴衮在日土建立政权，管理日土、克什米尔、拉达克等地，史称“上部三衮”之一，白吉日巴衮在一族统治十余代后分裂，一族成为拉达克王系，一族成为亚泽（亚孜）王系（尼泊尔境内），一族成为日土王系。
南宋嘉定十一年（1218，藏历第四饶迥土虎年），日土地方归附蒙古汗。
元至元十七年（1280，藏历第四饶迥铁龙年），日土隶属纳里速古鲁孙元帅府。
明洪武五年（1372，藏历第六饶迥水鼠年），日土隶属俄力思军民元帅府。
15世纪中叶，日土一度被拉达克王占据。
17世纪30年代，拉达克在此占据日土，统治50余年。
清康熙二十二年（1683，藏历第十一饶迥水猪年），甘丹颇章政权派噶丹次旺率军驱逐拉达克，收复阿里后，在噶尔昆莎设堆里噶本，在日土设日土宗，隶属堆里噶本。
清道光二十年（1840，藏历第十四饶迥铁鼠年），道格拉（森巴）王室和拉达克联军再次袭据日土，西藏地方政府派军和阿里军民共同反抗，收复失地，重设日土宗，隶属堆里噶本。
1915年（藏历第十五饶迥木兔年），西藏地方政府在日土始设察肖（盐税官）。
1951年，日土宗隶属堆里噶本，1954年，隶属阿里总管。
1956年11月，日土宗办事处成立。
1959年4月，日土实行军事管制，撤销日土宗和办事处。
1960年1月，经国务院正式批准，撤销日土宗，设立日土县，隶属阿里专区。
1970年11月，阿里专区更名为阿里地区，日土县属之。