14世纪帕竹政权在西藏推行宗制度时,即在此设“萨嘎敦巴宗”。
人们习惯称之为“萨嘎宗”。
17世纪中叶,甘丹颇章政权时期,在萨嘎设立“撒噶宗”。
1921年,西藏地方政府推行宗溪制,确立萨嘎宗,并将其归入日喀则基宗治下。
1951年前,萨嘎宗设有东、西即僧俗两个宗本,三年一换,由噶厦政府从哲蚌寺、色拉寺和大昭寺中直接选派任命。
萨嘎宗为政府与班禅堪布会议厅交叉管辖。
1960年4月,设立萨嘎县,隶属日喀则专区。
1970年,改属日喀则地区。
2024年,撤销日喀则地区,设立地级日喀则市,萨嘎县隶属日喀则市。