“十二邦”时期，桑日地区属“沃普邦喀”辖区，其中心位置在桑日县白堆乡一带。
6世纪中叶，雅砻悉补野第30代赞普达布年塞任内将其收归治下。
吐蕃时期，桑日地方属约茹辖区。
9世纪中叶后，吐蕃陷入分裂割据，威宋君王之孙维德一族在雅砻恰萨（今曲松）修建拉加里寺，形成“雅砻觉卧王系”，桑日在其辖区之内。
13世纪中叶，元朝及萨迦政权时期，桑日全境属帕竹万户管辖。
14世纪中叶，帕木竹巴派取得统治全藏之权，建立帕木竹巴政权，在桑日设“沃卡达孜宗”，成为西藏最早设立的13个大宗之一，并设恰嘎谿。
清康熙十八（1679年，藏历第十一饶迥土羊年），嘎丹颇章政权在此境内设立沃卡宗和桑日宗。
自10世纪中叶至西藏和平解放，历代王朝和西藏地方政府在桑日虽有政区设置，但实质则由“拉加里法王”承袭管辖。
1959年4月，自治区筹委设桑日县人民政府。
1960年1月，经国务院批准，撤销沃卡宗、桑日谿，设立桑日县，属山南专区。
2024年1月，国务院下达《关于同意西藏自治区撤销山南地区设立地级山南市的批复》（国函〔2016〕8号），桑日县属山南市管辖。