7世纪前，仲巴地区隶属“象雄阿尔巴”。
唐贞观十八年（644，藏历木龙年），雅砻悉补野第三十二代赞普松赞干布发兵征服象雄，将仲巴收于治下。
吐蕃政权建立后，为“象雄赤迪”辖区。
9世纪中叶，吐蕃陷入分裂割据，仲巴地区成为“贡唐王”属地。
13世纪，元朝萨迦政权时期，仲巴隶属“芒域万户”（亦称阿里万户）。
17世纪中叶，清朝甘丹颇章政权时期，设立珠珠宗，由阿里噶本管辖。
1913年，西藏地方政府设立仲巴洛强溪，隶属阿里噶本。
1960年，国务院批准设仲巴县，隶属阿里专区。
1962年9月，仲巴县由阿里专区划归日喀则专区。
2024年6月，撤销日喀则地区，设立地级日喀则市，仲巴县隶属日喀则市。