2000多年前，红河县少数民族先民就在境内的土地上生息。
唐(南诏)时，有官桂思陀部、铁容部等部落崛起，隶属于南诏通海都督府。
宋(大理)时，被列入“三十七部蛮”，属秀山郡。
元代，先后隶属于和尼路和元江路，其间曾设落恐万户、溪处副万户，属南路总管府，推行羁縻政策。
明朝洪武年间，正式在境内建立世袭土司制度，分别封设亏容甸、思陀甸、落恐甸、溪处甸、瓦渣甸和左能甸6个长官司，均属临安府，为云南边疆诸县土司较多的地区之一。
从清代直到民国时期，除迤萨、浪堤等地属元江府(州、县)管辖外，其他均为土司区域，先后隶属临安府和建水、石屏州(县)领辖。
1950年3月，建立县人民政权，设红河县。
1957年前，属蒙自专区和红河哈尼族自治区；1957年后，属红河哈尼族彝族自治州，至今。