晋宁县原系晋宁、昆阳两县合并组建。
夏商时属梁州，战国时，庄蹻入滇后在此建立滇国。
西汉元封二年（前109）设滇池县，为滇王都邑及益州郡治所，同时置建伶县（今昆阳）。
三国蜀汉滇池县属建宁郡。
东晋初年元帝时（317～322），改益州郡为晋宁郡，取晋代安宁之意，为使用“晋宁”之始，属宁州，滇池县为宁州治。
唐武德四年（621）置晋宁县，属昆州。
唐武德七年（624）以原建伶县地置望水县，治今大古城，属钩州。
南诏时升晋宁县为晋宁州，属拓东节度。
大理时为阳城堡部和巨桥部，均属善阐府。
元宪宗七年立阳城堡万户府和巨桥万户府，旋改为晋宁州及昆阳州，属中庆路。
明属云南府，清沿用。
1913年改为晋宁县和昆阳县，均属滇中道。
1916年废道，直属省。
1950年属玉溪专区。
1958年昆阳县并入晋宁县，治移昆阳镇。
1959年呈贡县并入。
1960年改属昆明市。
1963年原呈贡县析出置呈贡区。
2024年11月24日经国务院批准晋宁县撤县设区，沿用至今。