古称铜濑邑。
西汉元封二年(前109)置铜濑县,属益州郡。
东汉作同濑。
三国蜀汉属建宁郡。
唐初设同起县,属南宁州,天宝末废。
两爨时为西爨曲轭。
南诏称曲轭川,属拓东节度。
后期设纳垢部,为滇东三十七部之一,宋大理国沿袭,属石城郡。
元初改称纳垢千户,辖易龙百户,属磨弥万户府。
至元十三年(1276),改纳垢千户为马龙州,属曲靖路(短期曾隶仁德府)。
明洪武十五年(1382),撤通泉县入马龙县,隶曲靖府。
明弘治七年(1494)改设流官知州。
清代沿称马龙州,隶曲靖府。
1913年,撤州设县,改称马龙县,属滇中道。
1950年3月,成立马龙县人民政府,属曲靖地区专员公署。
同年10月,改设3个区。
1958年10月,撤销马龙县建制,并入曲靖县。
1961年7月复置马龙县。
1997属曲靖市。
2024年2月9日,国务院批准马龙县撤县设区,设立曲靖市马龙区,名称沿用至今。