西汉为哀牢地。
东汉属永昌郡。
唐南诏为茫天连，属永昌节度。
宋大理时名孟连，属永昌府。
元至正二十六年(1366)置木连路，明初废。
据《明太宗实录》卷四称，明永乐四年（1406）四月戊寅日，设置孟琏长官司（隶属云南都司），又作勐脸，治今孟连镇娜允。
清代为宣抚司。
《孟连土司亲供册》载：清康熙四十八年（1709）授孟连宣抚司，乾隆间换发满汉篆文“孟连宣抚司”铜印，属永昌府。
乾隆二十九年（1764）改隶属顺宁府，光绪二十年（1894）归镇边直隶厅（今澜沧县），民国时期属澜沧县，仍保持宣抚司的土司制度。
新中国成立初期仍属澜沧县，1954年6月16日成立孟连傣族拉祜族佤族自治区（县级），1956年改为孟连傣族拉祜族佤族自治县至今。
1970年属思茅地区，2003年属思茅市，2007年属普洱市至今。