蒙自，两汉属益州郡贲古县地。
三国蜀汉属兴古郡贲古县地。
晋属兴古郡隶宁州。
宋、齐属梁水郡梁水县地，隶益州。
梁朝仍之。
陈、隋属昆州地，隶南宁州总管府。
宋大理前期属巴甸地，隶通海都督府，后隶秀山郡。
元宪宗七年（1257）设目则千户，隶阿僰万户府。
元至元元十三年（1276）改为蒙自县，开始有蒙自之名。
明弘治十五年（1502）改土归流，仍为蒙自县，隶临安府。
明正德三年（1508）置新安御，皆隶临安卫。
明正德六年（1511）省安南长官司入蒙自县。
1648年李定国改蒙自为乐新县。
清顺治十年（1653）复改为蒙自县，清康熙四年（1665）析县东南地置开化府。
清康熙二十五年（1686）裁新安御，改置千总把总外委存城，隶临元镇。
清光绪十三年（1887）据《中法续议商务专条》开为商埠，设蒙自关，改隶临安开广。
1913年置蒙自道。
1929年裁蒙自道，直隶云南省政府。
1939年置隶云南省第三行政督察专员公署。
建国后，1950年隶蒙自专区，蒙自为行署驻地。
1957年蒙自专区与红河哈尼族自治区合并，建红河哈尼族彝族自治州，州府驻蒙自。
1958年蒙自县撤销改为蒙自联社，由个旧市领导。
州府迁个旧市。
1959年10月恢复蒙自县。
1961年改属红河哈尼族彝族自治州。
2010年9月10日，民政部批复同意撤销蒙自县设立蒙自市，名称沿用至今。