唐初，六诏兴起，为蒙舍诏，是南诏的发祥地。
南诏先建都于蒙舍城，后又筑山龙山于图城。
唐开元二十六年（738）迁都太和城。
蒙古宪宗七年（1257）设蒙舍千户所，隶大理上万户府。
至元十一年（1274）立蒙化府。
至元十四年（1277年）升蒙化府为路。
至元二十年（1283）降蒙化路为州，隶大理路。
明洪武十五年（1382）沿袭元制为蒙化州。
明正统十三年（1448）升为蒙化府。
清顺治十六年（1659）袭明制仍设为蒙化府。
康熙五年（1666），裁蒙化卫千总。
康熙六年（1667），并归蒙化府。
清雍正七年（1729），把原属楚雄府定边县归蒙化府，在南涧设置南涧巡检司，隶蒙化府。
乾隆三十五年（1770），改蒙化府为直隶厅。
1942年10月，在蒙化县设立云南省第五区行政督察专员公署，治所驻县城东北隅文华书院。
1950年1月10日，蒙化县人民政府成立。
1950年1月～3月，在此设置“中共蒙化地区工作委员会”和“滇西人民行政专员分署蒙化办事处”。
1954年6月，报中央内务部批准，蒙化县改为巍山县。
1956年11月，撤销巍山县，县境中部和南部成立巍山彝族自治县，北部成立永建回族自治县。
1958年10月巍山、永建两县合并为巍山彝族回族自治县，名称沿用至今。