西汉置牧靡县，属益州郡。
三国蜀汉改作牧麻县，属建宁郡。
唐代为升麻县，属南宁州，南诏属拓东节度。
宋大理为新丁部，以乌蛮土酋新丁名为部名，后改为仁地部，属石城郡。
蒙古宪宗六年（1256），置仁地万户。
元至元十三年（1276），改置仁德府，领为美、归厚二县。
明初改名寻甸府，清康熙八年（1669），降为寻甸州，属曲靖府。
1913年，改为寻甸县，属滇东道。
1916年，废道直属省，1947年，属第二行政督察区。
1950年，属曲靖专区。
1956年，成立寻甸回族自治县。
1959年，与嵩明县合并置寻甸县。
1961年嵩明县析出。
1970年，属曲靖地区。
1979年12月20日，成立寻甸回族彝族自治县。
1997年，属曲靖市。
1998年12月6日，隶属昆明市，名称沿用至今。