永仁古称苴却，汉、魏、晋、南北朝时分属益州郡和越嶲郡的弄栋（今姚安）和蜻蛉（今大姚）两县所辖。
隋属蜻蛉县。
唐初置强乐县。
唐南诏时属弄栋节度地。
宋大理国后期属姚州都督所辖统矢府大姚堡。
元属大理下万户府的同矢府千户和大姚堡千户。
明属姚安府。
清道光三年（1823）属楚雄府大姚县，置苴却巡检司分治。
1913年，改苴却巡检司为苴却行政区域，设行政委员。
1924年，苴却行政区域正式由大姚县析出设县，先取名方山县，后取境内永定、仁和两大集镇首字定名永仁县。
中华人民共和国成立后属楚雄专员公署。
1958年，属楚雄彝族自治州，是年并入大姚县。
1961年，从大姚县析出，仍设永仁县，至今。