湖州在五帝夏禹时为防风氏（都城在今德清县武康境内）之地，夏禹灭防风氏其地归属扬州，直至商文丁时，吴太伯与其弟仲雍奔荆蛮自号“勾吴”，建立吴国时湖州地属勾吴。
即“三吴”（苏州湖州会稽）之一。
周元王三年（473）越灭吴，地属越国。
周显王三十五年（334）楚灭越，地属楚国。
楚考烈王十五年（248），春申君黄歇徙封于此，在此筑城，始置“菰城县”。
秦王政二十五年（222），置乌程县。
三国东吴乌程侯宝鼎元年（266）分吴、丹阳两郡置吴兴郡。
隋仁寿二年（602年），以地滨太湖而名“湖州”，为湖州设立之始。
唐代湖州“吴兴郡”为上郡。
武德四年，以乌程县置。
宋代属两浙路十二州之一，“湖州吴兴郡”。
元代，湖州属江浙行省“湖州路”。
元至正二十六年十一月（1366年）为“湖州府”。
十四年十一月（1381年）改隶浙江。
清“湖州府”，隶杭嘉湖道。
民国元年（1912）一月乌程、归安二县合并为“吴兴县”。
二月湖属各县直隶于省。
1949年于吴兴县城区置“吴兴市”，1950年改为“湖州市”。
1962年撤销，1970年复置。
1981年撤销吴兴县并入湖州市。
1983年10月，撤地建市建湖州、嘉兴两个省辖市。
下辖德清、长兴、安吉三县和城区、郊区。
1988年撤销城、郊两区建制，1993年设立城区、南浔、菱湖三区。
2003年撤销城区、南浔、菱湖三区，设立吴兴、南浔两区。