庆元县历史悠久,《禹贡》为“扬州之域”，周为七闽地，春秋时为吴越东平乡，秦、汉因之。
唐乾元二年（759）龙泉置县，为龙泉县松源乡。
五代时王审知据闽，夺松源乡之半建松源镇，属建州；钱镠将留下部分仍称松源乡，归属沿旧。
到南宋庆元三年（1197）年事，吏扣侍郎胡纮奏请以所居之松源乡置县，获准，因以年号为县名，乃庆元县之始。
明洪武三年（1370）庆元县省，置巡检司，治查田；洪武十三年（1380）复置，仍属处州。
清沿之。
1914年属瓯海道（温州）。
1935年属第九、第七行政督察区（丽水）。
1949年5月17日庆元和平解放，同年7月成立县人民政府，属丽水专区。
1952年改属温州专区。
1958年11月撤县，并入龙泉；1973年7月国务院批准恢复县制，1975年8月正式开始办公，属丽水地区。
自建县迄今，凡791年。
1992年庆元县进行乡镇撤扩并，将全县7区4镇34个乡并为6个镇，2010年，撤。